FastQCFastQC Report
Thu 30 Nov 2023
all_reads_merged_quality.fastq

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
Filenameall_reads_merged_quality.fastq
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences96
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length393-2527
%GC50

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[WARN]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
AGACACTATCTATTATTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAA11.0416666666666665No Hit
ACCTGTCTATTATTTGCGGAACCTAGAAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAA11.0416666666666665No Hit
CACTGTCTATATTGCGGACCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAAATTT11.0416666666666665No Hit
CAGTACTTGCGGACCTAGAAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAAATTTTTTT11.0416666666666665No Hit
CCACTATTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAAATTTTTTC11.0416666666666665No Hit
ACTATCAATTAATTTGCGGAACCTAGAAGGCCCCTTTTTTATTTTAAAAA11.0416666666666665No Hit
GGACAGTATTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAAATTTTT11.0416666666666665No Hit
AACTCTCTACTATTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAAAT11.0416666666666665No Hit
GTTTACTATTGCGGACCTAGAAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAAATTTTT11.0416666666666665No Hit
ACCTGTCTATTATTTGCGGACCTAGAAGGTCCCCTTTTTTTATTTTTAAA11.0416666666666665No Hit
GGGGACGCGGTCCGCGCCGTTGTCCTTACCGCTGCAAACTCGGCTTCGGG11.0416666666666665No Hit
ATTTGGTCACCGGTCCCCGCCTTTTCCTTCCCACGCTGCAAATTCGGCTA11.0416666666666665No Hit
ATCTGGACGCGGTCCGCGCGTTTGTCCTTTTTCCGCTGCATAACCCTGCT11.0416666666666665No Hit
TACCTGATTATTATTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTTATTTTAAAA11.0416666666666665No Hit
CCCTGTCAATTAATTTACCGGAACCTCGAAGGTCTTCTTTACCCTTATTT11.0416666666666665No Hit
GAAATTTTCTATATTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAAA11.0416666666666665No Hit
CAACTGTCTACTATTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAAA11.0416666666666665No Hit
AATGTCATTATTTGCGGAACCTAGAGGCCCCTTTTTTTATTTTAAAAATT11.0416666666666665No Hit
ACTATCTATTATTTGCGGACCTAGAGGTCCCCTTTTTTTTATTTTAAAAA11.0416666666666665No Hit
AACTGTCTATTATTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAAAT11.0416666666666665No Hit
GATCTGACTATTGCGGACCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAAATTTT11.0416666666666665No Hit
ACCCCTGTTCAATTATTTGCGGAACCTAGAGGTCCCTTTTTTATTTTAAA11.0416666666666665No Hit
ACTGATCTATTATTTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTTTATTTTTAA11.0416666666666665No Hit
TCAGTAGTTGCGGACCTAGAAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAAATTTTTT11.0416666666666665No Hit
TTACTTGCTACCGCGGTCCGCGCGTTTGTCCTTTTCCGCTGCATTAACCC11.0416666666666665No Hit
CACACTGTTCTATTATTTGCGGACCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTTAA11.0416666666666665No Hit
AATTGCTAACCGGTCCCCGCGTTGTACTTAACGCTGCAAATTCTGCTCGG11.0416666666666665No Hit
CATGTCTATTATTTGCGGACCTAGAAGGTCCCCTTTCTTTATTTTTTAAA11.0416666666666665No Hit
CACTTTCTAGTATTGCGGACCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAAATT11.0416666666666665No Hit
GGAATTGTCTATATTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAAA11.0416666666666665No Hit
TCTCGTGCGGACCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAAATTTTTTTCCC11.0416666666666665No Hit
TCTTTTCTACTATTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAAAT11.0416666666666665No Hit
CCCACGTTCAAGAATTGCGGAACCTAGAAGGTCCTTTTTTTTTTTAAAAA11.0416666666666665No Hit
CAGGTTAGTATTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTTATTTTAAAAATT11.0416666666666665No Hit
ACAGTTACTATTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAAATTT11.0416666666666665No Hit
AACCTGTCTATTATTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAAT11.0416666666666665No Hit
AAACCTGTCAATTAATTGCGGAACCTAGAGGTCCCCTTTTCTTATTTTAA11.0416666666666665No Hit
CACCTGTCTATTATTGCGGACCTAGAGGTCCCCTTTTTTTATTTTTAAAA11.0416666666666665No Hit
AACTGTCTATATTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAAATT11.0416666666666665No Hit
TAACTGTCTATTATTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAAA11.0416666666666665No Hit
GGGACGGCGGGTCGCGCGTTGTCCTTTTCCGCTGCATAACCCTGCTTCGG11.0416666666666665No Hit
GGAACTTGTCTATATTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAA11.0416666666666665No Hit
AACTGTACGCGGTCCGCGCGTTGTCCTTTTCCGCTGCATTAACCCCTGGC11.0416666666666665No Hit
ATGGCATGTCTATTATTGCGGACCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAA11.0416666666666665No Hit
CAGTAGTTGCGGAACCTAGAGGCCCCTTTTCATTTAAAAATTTTTTCCAA11.0416666666666665No Hit
CAAATTAGTATTTGCGGACCTAGAGGTCCCCTTTTTTTATTTTTAAAAAT11.0416666666666665No Hit
TCATGCGGACCCTAGAGGTTCCCCTTTCTTTCATTTCTCAAAAATTTCCT11.0416666666666665No Hit
ACTGATCTGTATTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAAATT11.0416666666666665No Hit
AATAATCTGGCTAAGCGGTCCGCCGCCGTTGTCCTTTTTCGCCTGCATAA11.0416666666666665No Hit
TACTGTTCAAGAATTGCGGAACCAAGAGGCCCTTTTTATTTTAAAAATTT11.0416666666666665No Hit
ACCTGTCAAGAATTGGCGGAAGCCAAGAGGGACCCTTTTTCCAATTTAAA11.0416666666666665No Hit
GACAAATTAAATTGCGGCACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAAAT11.0416666666666665No Hit
TGACGGACCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAAATTTTTTCACAAAAC11.0416666666666665No Hit
CACACTGTTCAATAATTTGCGGACCTTAGAGGTCCCCTTTTTTTTATTTT11.0416666666666665No Hit
ACTGTCTATTATTGCGGACCTAGAGGTCCCCTTTTTTTATTTTTAAAAAT11.0416666666666665No Hit
CATGTCTATTATTTGCGGAACCTAGAGGCCCTTTTTTATTTTAAAATTTT11.0416666666666665No Hit
GGATTTGTCTATTATTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAA11.0416666666666665No Hit
ATTCATTATTGCGGGACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAATTTTT11.0416666666666665No Hit
CCTGTCTATTATTTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTTTTATTTTTAA11.0416666666666665No Hit
CGGTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTTTATTTTTAAAAATTTTTTTC11.0416666666666665No Hit
CCACCTGTTCAATAATTTGCGGACCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTTAA11.0416666666666665No Hit
AAGTATTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTCTTTCTTTTAAAAATTCTTTCA11.0416666666666665No Hit
ATTGGTACGCGGTCGCGCGTTGTCCTTTTCCGCTGCATAACCCTGCTTCG11.0416666666666665No Hit
GAACTTTTCTAGTATTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAA11.0416666666666665No Hit
AAATCAGGTAAGCGGTCCGCGCCGTTGTCCTTTTCGCTGCAAACTCTGCT11.0416666666666665No Hit
AACTATCTAGTATTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAAAT11.0416666666666665No Hit
CAAGGATCTAGTATTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTTATTTTAAAA11.0416666666666665No Hit
TCTATAATTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAAATTTTTT11.0416666666666665No Hit
ACTGTCTATTATTTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAAAT11.0416666666666665No Hit
TCACTATTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAAATTTTTTC11.0416666666666665No Hit
ACGGCGGGTCCGCGCGTTTGTCCTTTTTCCGCTTGCATAACTCTGCTTTC11.0416666666666665No Hit
ACGTCTAGTATTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAAATTT11.0416666666666665No Hit
CCGGCTATTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTTATTTTAAAAATTTTT11.0416666666666665No Hit
ACTATACGCGGTCCGCGCGTTGTCCTTTTCCGCTGCATAACCCTGCTTCC11.0416666666666665No Hit
GACCTGTCTATTATTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTTATTTTAAAA11.0416666666666665No Hit
CCTGTTATTATTTGCGGACCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAAATTT11.0416666666666665No Hit
AAACTGTCTATTATTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTTATTTTAAAA11.0416666666666665No Hit
AATACTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTTAAAAATTTTTTTT11.0416666666666665No Hit
AGATTTGATTATATTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAAA11.0416666666666665No Hit
CATGTCTAGTATTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAAATT11.0416666666666665No Hit
ACTGTCTATTATTTGCGGACCTTAGAAGGTCCCCTTTTTTTATTTTTTAA11.0416666666666665No Hit
TGCACTTAGTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAAATTTTT11.0416666666666665No Hit
CATATCATTATTTGCGGAACCTAGAGGCCCCTTTTTTATTTTAAAAATTT11.0416666666666665No Hit
CAGTTGGTATTGCGGACCTAGAAGGTCCCCTTTTTTTTTTTAAAAATTTT11.0416666666666665No Hit
TCACTTACTATTATTTGCGGACCTAGAGGTCCCTTTTTTATTTTAAAAAT11.0416666666666665No Hit
TTCATTTGGACGCGGTCCGCGCGTTGTCCTTTTCCGCTGCATAACCCTGC11.0416666666666665No Hit
AGTAGTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTTCTTTCATTTTAAAAATTTTCTC11.0416666666666665No Hit
AAATTCTAACGCCGGTCCCGCCGCCGTTTGTCCTTTTTCCGCCTTGCCAT11.0416666666666665No Hit
CACCCTGTCTATTATTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAA11.0416666666666665No Hit
ACCTGTCAATTATTTGCGGAACCTAGAGGTCCCTTTTTTATTTTAAAAAT11.0416666666666665No Hit
CATTTCTAGTATTGCGGACCCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTAAAAATT11.0416666666666665No Hit
GACCCTGTTCAATTATTTGCGGACCTAGAGGTCCCCTTTTTTATTTTTAA11.0416666666666665No Hit
ACTGTCTATTATTGCGGACCTAGAGGTCCCCTTTTTTTTTATTTTTAAAA11.0416666666666665No Hit
CAGATCATTATTTGCGGAACCTAGAAGGTACCCTTTTTTATTTTAAAAAT11.0416666666666665No Hit
AATATGTACGCGGTCCGCGCGTTGTCCTTTTCCGCTGCATAACCCTGCTT11.0416666666666665No Hit
TGAACTTTCTATTTCTTTGCGGACCTTAGTAAGGTCCCCTTTTTTTATTT11.0416666666666665No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)